Yamaha se odlučila da na modelu R1 za 2012. izbegne bilo kakve radikalne modifikacije koje bi otežale prepoznavanje. Stoga nema nikakvih revolucionarnih promena već su se inženjeri odlučili za laganu evoluciju i ovako odlične mašine.
Najveća novina je Yamahina kontrola proklizavanja koja je razvijena u saradnji sa sportskim odeljenjem odgovornim za sisteme u Superbike-u i MotoGP-ju. Sistem poseduje šest stepeni osetljivosti kao i mogućnost potpunog isključivanja a u 2012. godini će dolaziti kao deo standardne opreme. Sistem funkcioniše po principu upoređivanja brzine obrtanja prednjeg i zadnjeg točka a na proklizavanje reaguje korekcijom otvaranja brizgaljku, položajem leptira gasa i pomeranjem ugla paljenja ne bi li se smanjila snaga i povratila trakcija.
Osim dodavanja kontrole proklizavanja revidiran je sistem za ubrizgavanje goriva, remapiran ECU, izmenjen gornji nosač štapova i redizajnirani prigušivači na izduvu. Prednja maska je doživela blage izmene ponajviše zbog novih prednjih farova u kojima će se umesto običnih sijalica nalaziti LED lampe.
