Dvanaesta etapa Dakara 2006 je krenula iz Bamako-a u Maliju ka gradu Labé u Gvineji, a od ukupno 872km specijalni ispit je bio dugačak 369km.
Kod motorciklista Cyril Despres beleži još jednu etapnu pobedu, dok njegov najveći konkurent Marc Coma završava na drugom mestu. Kod automobila došlo je do velikog preokreta kada je Luc Alphand nadoknadio zaostatak u generalnom plasmanu pobedom na ovoj etapi. Kod kamiona Hans Stacey beleži još jednu pobedu i smanjuje zaostatak za Chaginom.
Cyril Despres je uprkos povredama koje je zadobio pre nekoliko dana pobedio na 12. etapi sa 1:45 minuta prednosti ispred Marc Coma-e i time zaostatak u generalnom plasmanu smanjio na 32:39 minuta. Pal Anders Ullevalseter koji je startovao kao četvrtoplasirani je imao dosta problema i stigao na cilj sa zakašnjenjem od 1:25 časova pa je takmičar iz Norveške pao na šesto mesto sa preko 3 časa zaostatka za vodećim. Loš dan je imao i Carlo De Gavardo koji je pri prelasku reke imao dosta problema pa je zbog toga izgubio 44 minuta čime je uspeo da se zadrži na 5. poziciji, ali ga je Chris Blais pretekao u generalnom plasmanu i izbio na poziciju 4. i za trećeplasiranim Giovanni Sala-om kasni samo 21:35 minuta.
Da su sve prednosti na Dakaru relativne pokazao je i višestruki pobednik Dakara Stephane Peterhansel koji je tokom dvanaeste etape imao dosta problema i izgubio čak 3:16 časova na samo tri dana pred kraj Dakara. Slično iskustvo je Peterhansel imao 2003. godine kada je samo jedan dan pred kraj relija izgubio vođstvo i pobedničku titulu. Peterhansel je na startu etape imao problema sa kočnicama, a udarac u drvo na 278-om km etape mu je oštetilo zadnji levi deo automobila što su njegov suvozač, Jean-Paul Cottret i on uspeli da poprave nakon jednočasovnih popravki. Nažalost, popravke su im omogućile da pređu samo 20km kada je automobil opet stao i Peterhansel je bio prinuđen da čeka servisni kamion. Nakon samo 15 minuta popravki, Peterhansel je ponovo krenuo i na cilj stigao sa čak 3:16 časova zakašnjenja i time je pao na četvrto mesto u generalnom plasmanu. Luc Alphand je pobedio isped De Villiersa i Nani Roma-e.
Kamiondžije su opet za pobednika imale Hans Stacey-a, a za njime je stigao Firdaus Kabirov sa 12:26 minuta kašnjenja. Vladimir Chagin je stigao na cilj sa 18:36 minuta zakašnjenja pa je on i dalje vodeći u generalnom plasmanu.