Pagani je u svojoj skoro tridesetogodišnjoj istoriji napravio samo dva modela, ali vremenom od njih stvara sve snažnije i brže varijante. To se prvo desilo sa Zondom, a sada i sa Huayrom, koja je dobila verziju R, namenjenu isključivo vožnji na stazama.
Automobil se vizuelno ne razlikuje mnogo od standarde Huayre, ali je R opremljen serijom jedinstvenih elemenata i delova, uključujući atmosferski V12 motor zapremine šest litara, koji potiče iz Mercedesa. U saradnji sa kompanijom HWA AG, motor je pojačan na 850KS i 750Nm. Crveno polje obrtomera počinje na 9000.
Pagani je saopštio da će Huayra R zvučati kao nekadašnji modeli Formule 1. Inconel je razvio specijalni izduvni sistem za ovaj automobil. On se sastoji od izduvnih cevi identične dužine za svih 12 cilindara, koje je Pagani povezao sa specijalno dizajniranom granom i završecima cevi izduvnog sistema. R je opremljen prigušivačima koji spuštaju nivo buke na 110 dB, prema regulativama FIA.
Huayra R je napravljena oko novog ugljenično-titanijumskog monokoka, koji koristi motor i menjač kao integralne delove za povećanje krutosti. Snaga se prenosi na zadnje točkove šestostepenim sekvencijalnim menjačem. par aktivnih krilaca na zadnjem kraju poboljšavaju aerodinamičke karakteristike tokom vožnje. Automobil stvara 1000kg vertikalnog pritiska pri brzini od 320km/h, a težak je samo 1050kg bez radnih tečnosti.
Pagani planira da napravi samo 30 primeraka Huayre R po ceni od 2,6 miliona EUR plus porez.